申请工伤认定不予认定时，确实需要工伤科出具不予认定的证明。具体操作流程如下：

一. 申请流程

1. 提出申请：用人单位或工伤职工本人在收到工伤认定申请不予受理决定书或工伤认定决定书后，应向相关部门（通常是工伤科）提出书面申请，要求出具工伤不予认定证明。
2. 说明理由和依据：在申请时，需要详细说明申请的理由和依据，并提供相关的证据材料以支持其观点。这些证据材料可能包括医疗记录、事故现场照片、证人证言等。

二. 审核流程 相关部门（工伤科）在收到申请后，会对申请进行审核。这一审核过程主要包括对申请材料的真实性和完整性进行核查，以确保申请符合法律法规和事实情况。

三. 出具证明

1. 审核通过：若审核通过，工伤科将依据法律法规和事实情况，出具工伤不予认定证明。该证明将明确不予认定的原因和依据，具有法律效力，是工伤认定相关事宜的重要依据。
2. 法律效力：工伤不予认定证明一旦出具，即具有法律效力。它不仅是工伤认定过程中的重要文件，也是后续处理工伤相关事宜（如申请工伤赔偿等）的必要依据。

• 例如，某员工在工作过程中受伤，但因其受伤情况不符合工伤认定标准，工伤科在审核后出具了工伤不予认定证明。该员工在收到证明后，可以依据此证明了解不予认定的具体原因，并据此决定是否进一步申请复议或提起行政诉讼。

我建议您在申请工伤认定不予认定证明时，务必准备好充分的证据材料，并详细说明申请的理由和依据。如有进一步需要，您可以继续咨询我。