与资质不合格的供应商签订合同，违反了合同合法有效的基本要件，即合同主体需具备相应的民事行为能力。具体来说：

1. 合同无效的情形：根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条的规定，民事法律行为有效需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定且不违背公序良俗。若供应商不具备履行合同所需的资质，则其行为能力在特定合同领域内是受限的，因此签订的合同可能因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效。

2. 资质要求的重要性：在招标采购过程中，对供应商进行资质审查是确保合同顺利履行、保障采购方权益的重要环节。若供应商资质不合格，不仅可能导致合同无效，还可能给采购方带来经济损失、项目延期等风险。

3. 实际案例的启示：如某机关单位在竞争性磋商采购中，因资格审查错误导致与资质不合格的供应商签订合同，最终项目终止采购并重新开展。这表明，在招标采购过程中，必须严格遵守资质审查程序，确保供应商具备相应的资质和能力。

综上所述，与资质不合格的供应商签订合同违反了合同合法有效的基本要件，可能导致合同无效并带来一系列不良后果。因此，在招标采购过程中，应加强对供应商资质的审查和管理，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。