针对您提出的问题，即“原告的保全费由被告承担，但是保全费发票已开给原告，被告如何做账”，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确保全费的性质。保全费是当事人在诉讼过程中，为保障将来生效判决能够得到执行或避免财产遭受损失，而向法院申请对当事人的财产或争议的标的物采取强制措施时所需交纳的费用。根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，保全费属于诉讼费用的范畴。

在您的情况中，法院已经判决保全费由被告承担。这意味着，尽管保全费的发票已经开给了原告，但实际的支付责任应由被告承担。因此，被告需要按照法院的判决来履行支付义务。

关于被告如何做账的问题，以下是一些建议：

1. 记录判决信息：

   • 被告应在财务记录中详细记录法院的判决信息，包括判决日期、判决内容（特别是关于保全费承担的部分）、案号等。

2. 与原告沟通：

   • 被告可以与原告联系，确认保全费的具体金额，并协商支付方式。如果可能，双方可以签订一份书面协议，明确保全费的支付时间和方式。

3. 支付保全费：

   • 根据与原告的协商结果，被告应按时支付保全费。支付时，可以通过银行转账、支票等方式进行，并保留好支付凭证。

4. 财务记账：

   • 在支付保全费后，被告应在财务账簿中记录该笔支出，作为营业外支出或诉讼费用等科目进行核算。同时，应附上相关的支付凭证和法院判决书作为附件。

5. 税务处理：

   • 根据当地税收法规，被告可能需要就支付的保全费进行税务处理。建议咨询专业税务人员，确保符合税务规定。

综上所述，被告在承担保全费时，应与原告沟通确认金额和支付方式，并按时支付。同时，在财务记账和税务处理方面，也应遵循相关规定，确保合规性。