关于您提出的“员工工作时间只有三个月，如何计算当年的经济补偿金”的问题，我可以为您详细解答。

首先，经济补偿金的计算通常与员工在公司的工作年限挂钩。但在您所述的情况下，员工仅工作了三个月，我们需要根据具体的法律规定和实际情况来计算。

1. 经济补偿金的基本计算方式：

   • 经济补偿金一般是按照员工在公司工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。
   • 工作六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。

2. 针对您所述情况的计算：

   • 由于员工仅工作了三个月，不满六个月，因此根据法律规定，公司应向其支付半个月工资的经济补偿金。

3. 其他注意事项：

   • 这里所说的“工资”通常指的是员工在解除劳动合同前十二个月的平均工资。但由于员工仅工作了三个月，所以应以其实际工作的三个月的平均工资来计算。
   • 如果员工的月工资高于当地月平均工资三倍的，经济补偿金的标准按当地月平均工资三倍的数额支付。

4. 特殊情况：

   • 如果员工的离职是由于公司的违法行为（如未按时支付工资、未依法缴纳社会保险等）导致的，员工可能有权要求更高的经济补偿。

综上所述，对于工作时间只有三个月的员工，其当年的经济补偿金应为半个月的工资。如果您有具体的数额或更详细的情况需要咨询，请随时告诉我，我会为您提供更精确的计算和建议。