离职公司扣除补充医疗保险的合法性，需根据具体情况分析。以下是从不同角度对此问题的详细解析：

1. 合同约定与公司政策：

   • 首先，应查看劳动合同或公司相关政策中是否有关于补充医疗保险的明确约定。
   • 若合同中明确规定了离职时需扣除补充医疗保险的费用，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则公司扣除该费用可能是合法的。
   • 若合同或政策中无此约定，或约定不明确，公司擅自扣除则可能构成违法。

2. 劳动法与社保法规定：

   • 根据劳动法和社保法的相关规定，用人单位有义务为员工缴纳社会保险，包括基本医疗保险，但补充医疗保险并非强制要求。
   • 若公司扣除的补充医疗保险费用超出了法律规定的范围或标准，或未按照法律规定进行缴纳和扣除，则可能构成违法。

3. 扣除的合理性与透明度：

   • 公司扣除任何费用都应具有合理性和透明度，即应明确告知员工扣除的原因、标准和金额。
   • 若公司未履行告知义务，或扣除的费用不合理、不透明，则可能构成对员工权益的侵犯。

4. 员工权益保护：

   • 员工有权了解自己的薪资构成和扣除情况，若对公司扣除补充医疗保险的费用有异议，有权向公司提出质疑并要求解释。
   • 若公司无法提供合理的解释或依据，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

综上所述，离职公司扣除补充医疗保险的合法性需根据具体情况分析。建议员工在离职前仔细查看劳动合同和公司政策，了解薪资构成和扣除情况；若对公司扣除费用有异议，应及时与公司沟通并寻求解决方案。若问题无法解决，可咨询专业律师或向相关部门投诉。