在案源核查阶段，如果虽然没有查实原案源问题，但发现了其他违法行为，处理方式通常遵循以下原则：

1. 立即记录并报告：首先，应详细记录发现的违法行为，包括时间、地点、涉及人员、具体行为等关键信息，并及时向上级或相关部门报告。这是确保问题得到及时、妥善处理的第一步。

2. 评估违法行为性质：接下来，需要对发现的违法行为进行性质评估，判断其是否属于严重违法、一般违法还是轻微违规。这有助于确定后续的处理措施和力度。

3. 依法依规处理：

   • 如果违法行为严重，可能涉及刑事责任，应立即移送司法机关处理，并配合做好相关调查工作。
   • 对于一般违法行为，可根据相关法律法规和规章制度，给予相应的行政处罚或纪律处分。
   • 对于轻微违规行为，可采取批评教育、责令改正等措施，督促相关人员遵守规定。

4. 跟进处理结果：在处理过程中，要保持与相关部门或人员的沟通，及时了解处理进展和结果，确保违法行为得到妥善处理。

5. 总结反思与预防：处理完毕后，应对整个案源核查过程进行总结反思，分析发现违法行为的原因，查找工作中存在的漏洞和不足，并采取相应的预防措施，避免类似问题再次发生。

综上所述，在案源核查阶段发现其他违法行为时，应本着依法依规、及时有效的原则进行处理，确保法律秩序得到维护。如果你在处理过程中遇到任何具体问题或困惑，可以随时向我咨询。