在办理刑事案件过程中，如果发现有治安违法行为，处理方式需遵循相关法律法规，具体来说：
首先，我们要明确的是，刑事案件与治安案件在法律性质上是有所区别的。刑事案件所违反的是《中华人民共和国刑法》的规定，当罪犯行为构成犯罪时，必须承受相应的刑事责任，这是不可用单独的治安处罚来替代的。
然而，在办理刑事案件时，如果同时发现了治安违法行为，即那些扰乱公共秩序、妨害公共安全、侵犯人身权利或财产权利、妨害社会管理，但尚不够刑事处罚的行为，那么根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，公安机关应当对此类行为进行调查和处理。
具体来说，当治安案件调查结束后，公安机关会根据不同情况作出以下处理：
如果确有依法应当给予治安管理处罚的违法行为的，公安机关会根据情节轻重及具体情况，作出相应的处罚决定。
如果依法不予处罚的，或者违法事实不能成立的，公安机关会作出不予处罚的决定。
如果违法行为已涉嫌犯罪的，那么公安机关会将其移送主管机关，依法追究其刑事责任。
特别需要注意的是，如果在办理刑事案件过程中，发现违反治安管理行为人有其他违法行为的（这些行为可能并不直接构成刑事犯罪，但违反了其他法律法规），公安机关在对违反治安管理行为作出处罚决定的同时，还会通知有关行政主管部门进行处理。
综上所述，办理刑事案件时发现有治安违法行为，公安机关会依据相关法律法规进行调查和处理，确保法律的公正和权威。希望这个解答能够对您有所帮助。