在发现行政违法行为后又查出刑事犯罪行为时，行政违法行为的处理需分情况讨论，具体如下：

1. 行政违法行为与刑事犯罪行为独立存在
   若行政违法行为与后续发现的刑事犯罪行为属于不同性质、彼此独立的违法行为（例如：先因违规排污被行政处罚，后又发现存在非法采矿的刑事犯罪），则行政机关仍需对已查实的行政违法行为依法作出处理（如罚款、责令停产停业等），且该处理结果不受刑事犯罪案件的影响。刑事犯罪部分则由公安机关立案侦查，最终由法院审判定罪。

2. 行政违法行为与刑事犯罪行为存在牵连或竞合
   若行政违法行为与刑事犯罪行为存在牵连关系（如行政违法行为是刑事犯罪的手段或组成部分，例如：通过伪造公文实施诈骗），或属于同一行为同时触犯行政法与刑法（如危险驾驶罪既构成刑事犯罪，又违反《道路交通安全法》），则需遵循“刑事优先”原则：

   • 行政程序中止：行政机关发现违法行为涉嫌犯罪的，应暂停行政处罚程序，将案件移送公安机关立案侦查。
     
   • 刑事判决后处理：若刑事判决已对违法行为作出评价（如判处罚金、没收违法所得），行政机关原则上不得重复处罚，但可依据《行政处罚法》第35条，对刑事判决未涵盖的行政责任（如吊销许可证）依法作出补充处罚。
     
   • 例外情形：若刑事判决未对行政违法行为作出全面评价（如仅追究部分责任），行政机关可对剩余部分依法处理。

3. 行政处罚与刑事处罚的衔接规则

   • “一事不再罚”原则：对同一违法行为，不得以同一事实和理由给予两次以上同种类的行政处罚，但刑事处罚与行政处罚性质不同，可并行适用（如诈骗罪判刑后，仍可由市场监管部门吊销营业执照）。
     
   • 折抵规则：若行政拘留已被执行，后又被判处拘役或有期徒刑的，拘留期限可折抵相应刑期（《行政处罚法》第35条）；若行政罚款已被执行，后又被判处罚金的，罚款可折抵相应罚金。

实务建议：

• 对行政机关而言，需严格区分违法行为性质，避免以罚代刑或越权处罚；
  
• 对当事人而言，若同时面临行政调查与刑事侦查，应及时委托律师介入，争取通过程序衔接减少重复处罚风险。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合事实与法律为你详细分析。