在违法行为人还未明确或还在查证阶段的，立案流程依然可以启动，但具体操作会因案件类型和实际情况有所不同。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、立案的基本条件与流程
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，立案是刑事诉讼的起始阶段，其基本条件包括：
- 有犯罪事实存在：即已经发生了符合刑法规定的犯罪行为。
- 需要追究刑事责任：即犯罪行为依法应当受到刑罚处罚。
- 属于自己管辖：即案件应由受理立案的机关管辖，如公安机关、人民检察院或人民法院。
在违法行为人还未明确或还在查证阶段时，只要满足上述基本条件，特别是“有犯罪事实存在”这一核心要件，公安机关或人民检察院就可以依法启动立案程序。立案后，侦查机关将展开调查工作，以查明犯罪事实、收集证据，并最终确定犯罪嫌疑人。
二、不同案件类型的立案处理
刑事案件：
- 在刑事案件中，即使违法行为人尚未明确，只要存在犯罪事实且需要追究刑事责任，公安机关就可以立案侦查。例如，在盗窃案件中，虽然尚未确定具体是谁实施了盗窃行为，但只要存在盗窃事实且达到刑事立案标准，公安机关就可以立案。
- 立案后，公安机关将通过调查取证、询问证人、勘验现场等方式，逐步缩小嫌疑人范围，最终确定犯罪嫌疑人并采取相应的强制措施。
行政案件：
- 在行政案件中，如果违法行为人尚未明确，但违法行为已经发生且需要行政处罚，行政机关也可以依法启动调查程序。不过，与刑事案件不同的是，行政案件的立案和调查往往更加侧重于对违法行为的认定和处罚，而不是对犯罪嫌疑人的追究。
- 行政机关在调查过程中，如果发现违法行为人明确且需要追究刑事责任的，应当及时将案件移送司法机关处理。
三、立案后的调查与处理
- 调查取证：立案后，侦查机关或行政机关将依法展开调查取证工作，以查明案件事实、收集证据。这包括询问证人、勘验现场、检查物品、扣押物证等。
- 确定嫌疑人：在调查过程中，侦查机关或行政机关将逐步缩小嫌疑人范围，并通过进一步调查取证来确定犯罪嫌疑人或违法行为人。
- 采取强制措施：对于确定的犯罪嫌疑人或违法行为人，侦查机关或行政机关可以依法采取相应的强制措施，如拘留、逮捕、取保候审等，以确保案件的顺利办理。
四、法律建议
- 及时报案：如果发现违法行为或犯罪事实，应及时向公安机关或相关行政机关报案，以便及时启动立案程序。
- 配合调查：在立案后，应积极配合侦查机关或行政机关的调查工作，提供必要的证据和信息，以协助查明案件事实。
- 关注进展：可以关注案件的进展情况，了解侦查机关或行政机关的调查结果和处理意见，并在必要时寻求法律帮助。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。