针对您提出的“资格审查被废标进行质疑是否有效”的问题，这确实是一个涉及招标采购流程中权益保护与规则遵循的复杂议题。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确的是，在招标采购活动中，质疑是供应商维护自身权益的一种重要手段。根据《中华人民共和国政府采购法》及相关规定，供应商在认为采购文件、采购过程、中标或成交结果使自己的权益受到损害时，有权在法定期限内提出质疑。
然而，对于资格审查被废标后提出的质疑是否有效，这主要取决于几个关键因素：
质疑主体的资格：根据规定，质疑主体需是实际参与采购活动的供应商。即使供应商的投标在资格审查阶段被废标，只要其确实参与了采购活动，理论上仍具备提出质疑的资格。
质疑的时机与依据：供应商提出质疑必须在知道或应知其权益受到损害之日起的法定期限内，并且质疑必须基于具体的事实和依据。如果废标决定存在错误或不当之处，供应商可以此为依据提出质疑。
权益受损的判定：质疑是否有效，核心在于供应商是否能证明其权益确实受到了损害。如果废标决定并未对供应商的合法权益造成实际影响，或者供应商无法提供充分的证据证明其权益受损，那么质疑可能被视为无效。
恶意质疑的防范：在实务中，也需要警惕恶意质疑的情况。如果供应商明知其质疑缺乏事实依据或法律依据，却仍然提出质疑，以干扰正常的招标采购活动或损害其他供应商的合法权益，这种质疑将被视为恶意质疑，并可能面临相应的法律责任。
综上所述，资格审查被废标后进行质疑在理论上是有可能的，但具体是否有效还需根据实际情况来判断。如果供应商认为废标决定存在错误或不当之处，并且能够提供充分的事实和依据来支持其质疑，那么其质疑是有可能被视为有效的。然而，如果供应商无法证明其权益受损或存在恶意质疑的情况，那么其质疑可能被视为无效。
因此，在提出质疑前，供应商应仔细研究招标文件、废标决定及相关法律法规，确保质疑的合理性、合法性和有效性。同时，招标代理机构或采购人也应秉持公正、公平、公开的原则，认真处理供应商的质疑，确保招标采购活动的顺利进行。