不合格投标人的质疑在某些情况下是有效的，但前提是质疑的内容和程序必须符合法律规定。具体分析如下：

一. 不合格投标人的质疑权利

• 即便投标人被视为不合格，但只要其认为招标投标活动不符合法律、行政法规的规定，仍有权提出质疑。
• 质疑的提出，并不直接依赖于投标人的资格状态，而是基于其对招标投标活动合法性的判断。

二. 质疑的程序和要求

1. 提出异议：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第六十条，对于特定事项（如资格预审文件、招标文件、开标、评标结果等）的质疑，投标人应当先向招标人提出异议。异议应当在规定的期限内提出，例如对招标文件有异议的，应当在投标截止时间10日前提出。
2. 向行政监督部门投诉：如果招标人未能满意答复异议，或者投标人认为招标投标活动存在更严重的违法问题，可以在自知道或者应当知道之日起10日内向有关行政监督部门投诉。投诉应当包含明确的请求和必要的证明材料。

三. 处理流程

• 行政监督部门在收到投诉后，将依法进行调查处理，并在规定的时间内作出书面处理决定。
• 如果投诉人捏造事实、伪造材料或者以非法手段取得证明材料进行投诉，行政监督部门将予以驳回。

四. 实际案例理解

• 假设一个投标人因资质问题被认定为不合格，但该投标人发现招标过程中存在不公平的评标标准。此时，该投标人可以先向招标人提出异议，说明评标标准的不公平性。如果招标人未予理睬或答复不满意，投标人可以向行政监督部门投诉，要求调查处理。

我的观点：不合格投标人的质疑并非一律无效，关键在于质疑的内容和程序是否合法合规。只要质疑符合法律规定的条件和程序，就有可能得到行政监督部门的支持和处理。因此，投标人在提出质疑时，应当充分准备必要的证明材料，并严格按照法律规定的程序进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。