被废标的公司确实有权提出质疑。在招投标活动中，废标是一个重要的环节，它关乎到所有参与投标公司的利益。当一家公司被废标时，如果它认为废标决定存在不合理或违法之处，完全有权通过合法途径提出质疑。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，投标人对招标文件、开标过程、评标结果等有异议的，有权在规定时间内向招标人提出。这包括了对废标决定的质疑。因此，被废标的公司作为投标人，在认为废标决定侵害其合法权益时，可以依法提出质疑。
二、质疑的提出与处理
质疑的提出：被废标的公司应当在知道或应当知道废标决定之日起一定时间内（具体时间根据相关法律法规或招标文件规定），以书面形式向招标人提出质疑。质疑内容应当明确、具体，并附上相关证据材料。
质疑的处理：招标人在收到质疑后，应当在规定时间内进行答复。如果招标人认为质疑成立，应当采取相应措施予以纠正；如果认为质疑不成立，也应当给出合理的解释和说明。
三、质疑的合法性与合理性
合法性：被废标的公司提出质疑必须基于合法依据，如招标文件、法律法规等。如果质疑内容缺乏合法依据，或者质疑方式不符合规定，那么质疑可能不会被受理或得到支持。
合理性：除了合法性外，质疑还应当具有合理性。即质疑内容应当是基于对废标决定的合理怀疑或不满，而不是无理取闹或恶意攻击。合理的质疑有助于促进招投标活动的公平、公正和透明。
四、后续行动建议
收集证据：在提出质疑前，被废标的公司应当尽可能收集相关证据材料，以支持其质疑内容。这些证据材料可以包括招标文件、投标文件、评标记录等。
咨询专业意见：如果被废标的公司对废标决定存在疑问或不确定如何提出质疑，可以咨询专业律师或招投标专家的意见。他们可以提供专业的法律建议和指导，帮助公司更好地维护自身权益。
保持沟通：在提出质疑后，被废标的公司应当与招标人保持沟通，及时了解质疑的处理进展和结果。如果质疑得到支持，公司应当与招标人协商解决方案；如果质疑未得到支持，公司也可以考虑通过法律途径进一步维护自身权益。
总结来说，被废标的公司有权提出质疑，但质疑必须基于合法依据和合理怀疑。在提出质疑前，公司应当收集相关证据材料并咨询专业意见；在提出质疑后，公司应当与招标人保持沟通并及时了解处理进展。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。