针对您提出的“连锁店不全部闭店合同到期怎么办”的问题，首先我们需要明确几个核心点：连锁店的运营模式、合同的具体条款以及合同到期后的法律后果。基于这些，我将从以下几个方面给出建议：

1. 审查合同条款：

   • 首先，应详细审查合同中关于合同期限、续签、终止以及违约责任等关键条款。
   • 特别关注是否有关于连锁店部分闭店或调整经营规模时的特殊约定。

2. 评估合同到期后的法律后果：

   • 若合同明确规定了合同到期后的处理方式，如自动续签、需提前通知对方等，则应按合同约定执行。
   • 若合同未明确规定，则双方需协商处理，或依据相关法律法规进行裁决。

3. 与对方协商：

   • 在合同到期前，建议与对方（如连锁店的总部或房东）进行积极沟通，明确双方的意图和期望。
   • 尝试达成新的协议，如续签合同、调整租金、改变经营模式等。

4. 考虑法律途径：

   • 若协商无果，且合同到期后的处理方式对己方不利，可考虑通过法律途径维护权益。
   • 如提起民事诉讼，要求对方承担违约责任或赔偿损失。

5. 注意连锁反应：

   • 连锁店的部分闭店可能涉及多个合同关系，如与供应商、员工、消费者等的合同。
   • 应全面考虑这些合同关系，避免引发连锁的法律纠纷。

综上所述，连锁店不全部闭店合同到期时的处理方式需根据具体情况而定。建议您先审查合同条款，评估法律后果，再与对方积极协商，并考虑必要的法律途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。