在合同约定由卖方指定第三方收款的情况下，如果卖方起诉买方，法院判决通常是买方向卖方付款，而不是向第三方付款。以下是对这一结论的详细解释：

1. 合同相对性原则：

   • 根据合同相对性原则，合同是买卖双方之间订立的，合同中的权利和义务主要对买卖双方具有约束力。
   • 虽然合同中约定了由第三方收款，但这并不改变买卖双方作为合同主体的地位。

2. 债务承担与履行：

   • 在合同中约定由第三方收款，这实际上是一种债务履行方式的约定，而非债务转移。
   • 如果第三方未履行收款义务，这并不影响买方作为合同债务人的地位，买方仍需向卖方承担付款责任。

3. 法律后果：

   • 当卖方起诉买方时，法院会根据合同内容和双方当事人的约定，判决买方履行付款义务。
   • 买方应直接向卖方支付款项，而不是向第三方支付。

4. 特殊情况：

   • 如果第三方已明确向卖方承诺履行债务，并且卖方接受了这一承诺，那么在某些情况下，卖方也可以将第三方列为共同被告。
   • 但这并不意味着买方就免除了付款义务，而是可能根据具体情况，由买方和第三方共同承担付款责任。

综上所述，根据合同相对性原则和债务承担与履行的法律规定，法院在判决时通常会认定买方向卖方付款，而不是向第三方付款。如果你有任何进一步的问题或需要更详细的法律解释，请直接向我咨询。