两方合同确实可以约定由第三方收款，这在实际操作中是被允许的，并通常通过三方协议来明确各方的权利义务。以下是对这一问题的详细解答：
一、合法性及操作方式
合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定由债务人向第三人履行债务，这意味着在合同中指定第三方作为收款方是合法的。
操作方式：
- 合同中应清晰、明确地写明由第三方收款的具体条款，包括第三方的身份信息、收款金额、收款时间、收款方式等，以避免产生歧义。
- 最好通过三方协议来明确收款授权及各方权利义务关系，以确保合同的有效性、安全性和第三方的明确意愿。
二、注意事项及风险提示
第三方意愿与参与：
- 虽然合同双方可以约定由第三方收款，但应确保第三方对此表示同意，并愿意履行相关的收款义务。
- 如果第三方拒绝履行收款义务，可能会引发合同履行的纠纷。
违约责任：
- 如果受托的第三方收款公司出现问题，如未及时将款项转交给委托方，委托方仍可能面临对债权人的违约责任。
- 因此，在选择受托公司时，应谨慎评估其信誉和可靠性，并在协议中详细规定各方权益，以避免纠纷。
风险防范：
- 在涉及将款项支付给第三方的情况下，应特别警惕潜在的诈骗风险。
- 应对第三方进行充分的调查和安全评估，以确定其可信度和可靠性。
三、实例说明
例如，小朱与小李签订合同，并约定由小胡所在公司作为第三方收款人。为确保这一约定的有效性，小朱、小李和小胡公司应签订三方协议，明确小胡公司的收款授权及各方权利义务关系。如果小胡公司收款后未及时将款项转交给小朱，小李虽然认为自己债务已履行完毕，但小朱仍有权向小李主张违约责任。
综上所述，两方合同可以约定由第三方收款，但需要在合同中明确约定相关条款，并通过三方协议来确保合同的有效性、安全性和第三方的明确意愿。同时，应谨慎选择受托公司，并警惕潜在的法律风险和诈骗风险。