针对诉前鉴定阶段被告对提交的补充材料不认可的情况，您可以参考以下建议来处理：

首先，需要明确被告对补充材料不认可的具体原因。这些原因可能涉及材料的真实性、关联性、合法性或完整性等方面。了解这些原因有助于您更准确地判断如何应对。

一、沟通协商

在明确不认可的原因后，您可以尝试与被告进行沟通协商，解释补充材料的来源、目的和重要性，以及为何认为这些材料是真实、关联和合法的。通过沟通，有时可以消除误解或达成某种程度的共识。

二、申请重新鉴定或补充鉴定

如果沟通协商无果，且被告对补充材料的真实性或完整性存在严重质疑，您可以考虑向法院申请重新鉴定或补充鉴定。在申请时，需要明确指出原鉴定存在的问题以及重新鉴定或补充鉴定的必要性和可行性。法院会根据实际情况决定是否批准您的申请。

三、提供反驳证据

如果您认为被告的质疑是无理的，或者您有足够的证据来反驳被告的质疑，那么您可以积极收集并提供反驳证据。这些证据可以包括其他相关材料、证人证言、专家意见等，旨在证明补充材料的真实性和合法性。

四、法律途径维权

如果以上方法都无法解决问题，且被告的质疑对您的权益造成了严重影响，那么您可以考虑通过法律途径来维权。您可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权方式，并根据律师的建议采取相应的行动。

在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，遵循法律程序和规定，尊重法院的判决和裁定。同时，也要注意保护自己的合法权益，积极收集证据并寻求专业法律帮助。

最后，需要强调的是，诉前鉴定阶段只是整个诉讼过程中的一个环节。在处理此类问题时，应充分考虑整个诉讼的全局和长远利益，避免因局部问题而影响整个诉讼的顺利进行。