公司另起诉追偿权案是合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关法律规定，当事人对于已经发生法律效力的判决、裁定，如果认为有错误，可以申请再审或通过其他法定程序处理。但在本案中，公司并非是对原判决提出异议，而是基于原判决的结果（即滞纳金由公司承担）来行使追偿权，这是两个不同的法律程序。
   • 追偿权通常基于合同、法律或公平原则而产生。如果公司认为有第三方（如员工、合作伙伴等）应对该滞纳金承担责任，那么公司有权依法向该第三方提起追偿权诉讼。

2. 逻辑分析：

   • 法院终审判决滞纳金由公司承担，这是对公司与相对方之间权利义务关系的一种确认。但这并不意味着公司不能就这一损失向其他应负责任的第三方进行追偿。
   • 追偿权的行使并不受原判决的限制，只要公司能够证明第三方对滞纳金的产生负有责任，且该责任在法律上是可追偿的，公司就有权提起追偿权诉讼。

3. 实践操作：

   • 在提起追偿权诉讼前，公司应充分收集证据，证明第三方对滞纳金的产生负有责任。这包括但不限于合同、协议、邮件、聊天记录等能够证明双方权利义务关系的证据。
   • 公司应依法向有管辖权的法院提起诉讼，并按照诉讼程序的要求提交起诉状、证据等材料。

综上所述，公司另起诉追偿权案是合法的，但前提是公司能够证明有第三方对滞纳金的产生负有责任，且该责任在法律上是可追偿的。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。