不可以以分公司名义申报职称，应当以总公司的名义申报。具体分析如下：

一. 劳动关系与申报职称的主体应一致

1. 劳动关系决定申报主体：根据劳动法的相关规定，劳动者与用人单位建立劳动关系后，相关的权益、义务均基于该劳动关系产生。申报职称作为劳动者的一项权益，也应当遵循这一原则。
2. 总公司与分公司的关系：分公司作为总公司的分支机构，并不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，在劳动关系上，与总公司建立劳动关系的员工，其申报职称的主体应当是总公司。

二. 申报职称的规范要求

1. 职称申报的严肃性：职称申报是一项严肃的工作，需要按照相关规定进行。申报时，必须明确申报主体，确保申报的合法性和有效性。
2. 避免混淆和误导：如果允许员工以分公司名义申报职称，可能会引发混淆和误导，不利于职称管理的规范化和严肃性。

• 例如，张三与A总公司建立了劳动关系，但被派遣到A公司的分公司工作。在这种情况下，张三申报职称时，应当以A总公司的名义进行，而不是以分公司的名义。

综上所述，与总公司建立了劳动关系的员工，在分公司工作时，应当以总公司的名义申报职称。这是基于劳动关系的法律原则以及职称申报的规范要求所得出的结论。我建议您在申报职称时，务必明确申报主体，确保申报的合法性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。