不会直接驳回原告起诉。如果原告以借贷纠纷起诉，但实际法院查明双方是合伙关系，法院通常不会直接驳回原告的起诉。具体处理方式如下：
法院释明与原告变更诉求：
- 当原告主张的法律关系性质与法院认定不一致时，法院会向原告释明，即告知原告可以变更诉讼请求。
- 如果原告接受法院的释明并变更诉讼请求，法院会按照变更后的法律关系（如合伙关系）进行审理。
原告拒绝变更诉求的处理：
- 如果原告拒绝变更诉讼请求，法院会根据已查明的合伙关系事实，依法作出裁判。
- 在这种情况下，法院可能会驳回原告基于借贷关系的诉讼请求，但这是因为原告坚持错误的法律关系主张，而非直接驳回原告的起诉本身。
- 如果有充分的证据证明存在合伙关系，法院将依据合伙纠纷的相关规定来处理双方的权利义务。
综上所述，即使原告以借贷纠纷起诉，但实际是合伙关系，法院也不会直接驳回原告的起诉。法院会根据查明的事实和法律规定，对原告进行释明，并根据原告是否变更诉讼请求来作出相应的裁判。因此，如果你面临类似的情况，建议积极与法院沟通，并根据法院的指导来调整你的诉讼策略。