如果以民间借贷案由起诉，但查明事实是委托合同纠纷，法官一般会驳回起诉。具体分析如下：
在民事诉讼中，案由的确定对于案件的审理和判决具有重要意义。案由是法院对诉讼案件所涉及的法律关系的性质进行概括后形成的案件名称，它反映了案件所涉及的民事法律关系的性质。如果原告在起诉时选择的案由与实际查明的法律关系性质不符，那么法院可能会基于以下考虑而驳回起诉：
法律关系性质不符：法院在审理案件时，会首先审查原告起诉的案由是否与实际查明的法律关系性质相符。如果查明的事实表明，原、被告之间实际存在的是委托合同关系，而非原告所主张的民间借贷关系，那么法院会认为原告起诉的案由错误。
诉讼请求与事实不符：原告的诉讼请求应当基于其主张的法律关系而提出。如果查明的事实与原告所主张的法律关系不符，那么原告的诉讼请求也就失去了事实基础。在这种情况下，法院可能会认为原告的诉讼请求没有事实依据，从而驳回起诉。
程序性规定：根据民事诉讼法的相关规定，法院在审理案件时应当遵循一定的程序性规定。如果原告起诉的案由与实际查明的法律关系性质不符，那么法院可能会认为原告的起诉不符合程序性规定，从而驳回起诉。
综上所述，如果以民间借贷案由起诉，但查明事实是委托合同纠纷，法官一般会基于法律关系性质不符、诉讼请求与事实不符以及程序性规定等考虑而驳回起诉。因此，原告在起诉时应当谨慎选择案由，并确保其与实际查明的法律关系性质相符，以避免因案由错误而导致起诉被驳回的风险。如有进一步的法律问题，可直接向我咨询。