加工厂只开收据不开发票，在应税业务交易中通常是违法的。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与违法行为分析
《中华人民共和国发票管理办法》：
- 根据该办法的第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项时，有义务向付款方开具发票。这是确保交易合法性和税收征管的重要基石。
- 若应开具而未开具发票，税务机关有权责令改正，并可处以最高1万元的罚款；若存在违法所得，还将被没收。
《中华人民共和国消费者权益保护法》：
- 该法第二十二条规定，经营者提供商品或服务后，应按照国家有关规定或商业惯例向消费者出具发票等购货凭证或服务单据。当消费者索要这些凭证时，经营者必须出具。
二、特定情形下的合法性
虽然一般情况下必须开具发票，但在某些特定情况下，收据也可作为合法有效的凭证：
- 行政事业性收费、政府性基金等非税收入，使用财政部门监制的收据是合法的。
- 企业内部的收付款往来，如员工借款还款等，通常只需收据作为内部记账依据。
然而，这些特定情形并不适用于应税业务交易。在应税业务中，无论是销售商品还是提供服务，公司都必须依法开具发票。
三、法律后果与消费者应对措施
法律后果：
- 若公司违反发票管理规定，可能面临税务机关的责令改正、罚款，甚至更严重的法律责任。
- 在极端情况下，如涉及偷税、逃税等罪行，公司还可能被移送司法机关处理，承担刑事责任。
消费者应对措施：
- 遇到公司只开收据不开发票时，消费者应首先尝试与商家沟通，要求补开发票。
- 若商家拒绝开具发票，消费者可向当地税务部门投诉举报，并提供相关证据。
- 必要时，消费者还可通过法律途径维权，要求商家赔偿因未开具发票而造成的损失。
四、总结
综上所述，加工厂只开收据不开发票的行为在应税业务交易中通常是违法的。消费者应了解自己的合法权益，并在遇到此类情况时采取适当措施维护自己的权益。同时，加工厂也应严格遵守相关法律法规，确保在交易过程中依法开具发票，以避免可能的法律风险和损失。