去公司上班后被发现有案底，公司应依据相关法律法规、行业规定及企业内部规章制度，结合案底性质、员工表现等因素，谨慎且公正地处理。具体分析如下：
一. 了解并核实案底情况
- 合法途径核实：公司应通过正规渠道，如联系公安机关，核实员工案底的真实性及其具体内容，以确保信息的准确性。
- 与员工沟通：公司应与员工进行深入的沟通，了解其犯罪的具体原因、过程以及悔过态度，为后续的处理提供全面的信息基础。
二. 评估案底性质与影响
- 案底分类处理：
- 刑事犯罪案底：若员工因故意犯罪被判处有期徒刑以上刑罚（包括缓刑），这通常会对员工在公司的工作产生严重影响。
- 过失犯罪案底：若员工因过失犯罪且情节轻微，同时未对公司隐瞒此情况，公司可根据具体情况考虑是否继续留用。
- 其他违法案底：对于未构成犯罪的违法行为，公司应依据内部规章制度进行处理。
- 风险评估：公司需评估案底对员工工作表现、公司声誉以及运营风险的潜在影响，特别是要考量案底与员工工作职责的关联度。
三. 制定处理方案
- 遵循法律法规：根据《中华人民共和国劳动法》、《劳动合同法》等相关法律规定，公司在特定情况下有权解除劳动合同。
- 参照内部规章制度：公司应结合内部员工手册或规章制度，明确处理此类问题的标准和程序。
- 具体处理措施：
- 解除劳动合同：对于严重违反法律法规或公司内部规定的员工，公司可依法解除劳动合同，并按法定程序操作。
- 调整工作岗位：针对案底较轻且表现良好的员工，公司可考虑将其调整至非关键岗位。
- 加强监督与管理：对于继续留用的员工，公司应加强日常监督和管理，确保其工作合规性。
- 提供必要支持：公司可提供必要的心理疏导和职业培训，帮助员工更好地融入工作环境。
四. 保障员工权利与合法权益
- 确保知情权与申辩权：公司应确保员工了解调查结果和处理意见，并给予其充分的申辩机会。
- 保护合法权益：即使在解除劳动合同的情况下，公司也应按法律规定支付员工相应的工资、奖金及经济补偿金。
五. 后续跟踪与总结完善
- 持续跟踪：在处理过程中及处理后，公司应持续跟踪员工的反应和内部反馈，确保问题得到妥善解决。
- 总结经验教训：处理完毕后，公司应总结经验教训，完善招聘流程和管理制度，以预防类似问题的再次发生。
综上所述，我建议公司在处理员工案底问题时，应秉持公正、合法、合理的原则，综合考虑多种因素，制定并执行合适的处理方案。同时，公司也应注重保障员工的合法权益和企业的长远发展。如有进一步需要，您可以继续咨询我。