关于您提出的“有案底公司能否查出来以及该怎么办”的问题，这是一个涉及法律权限与隐私保护的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、公司查询员工案底的权限与限制
普通公司无直接查询权：
- 在大多数情况下，普通公司并没有权限通过官方渠道直接查询员工是否有案底。这是因为犯罪记录信息由公安部门等司法机关严格管理和保密，以确保个人隐私不受侵犯。
特定背景调查公司的合法途径：
- 虽然一些专业的背景调查公司可能尝试通过合法途径收集公开信息来判断员工是否有案底，但它们必须严格遵守相关法律法规，如《中华人民共和国个人信息保护法》。这些公司不能非法获取他人隐私信息，否则将面临法律责任。
特定行业和特殊情况的查询：
- 在某些特殊行业，如安保、金融、教育、医疗等，由于行业性质和法律要求，公司可能有权限进行较为严格的背景审查。这些行业的公司可以通过向公安机关等相关部门申请，并按照正规流程进行查询核实。
- 如果员工在工作过程中涉及法律纠纷，或公司有合理怀疑员工存在犯罪行为可能影响工作，且经过法定程序和员工同意，公司也可以向有关部门申请协助调查犯罪记录情况。
未成年人犯罪记录的封存：
- 对于未成年人犯罪记录，我国实行封存制度。这意味着，如果犯罪时不满十八周岁且被判处五年有期徒刑以下刑罚，相关犯罪记录将被封存，不得向任何单位和个人提供，除非司法机关为办案需要或有关单位根据国家规定进行查询。
二、如果公司查出案底，员工应如何应对
了解公司政策与法律规定：
- 首先，员工应了解公司的招聘政策和相关法律法规，特别是关于犯罪记录使用的限制。公司不能仅因员工有犯罪记录就歧视或拒绝录用。
坦诚沟通与解释：
- 如果公司提出关于犯罪记录的疑问，员工应坦诚沟通，解释相关情况。这有助于建立信任，并让公司更全面地了解员工的背景和能力。
强调个人改变与成长：
- 员工可以强调自己从过去的经历中吸取了教训，并展示了积极的改变和成长。这有助于改变公司对员工犯罪记录的负面看法。
寻求法律援助：
- 如果员工认为公司因犯罪记录而对其进行了不合理的差别对待，可以寻求法律援助。劳动法等相关法律法规明确规定，用人单位在招聘过程中应当遵守平等就业的原则。
三、总结与建议
公司一般不能随意查出员工的案底，只有在特定情况下且遵循法律规定的程序和条件，才有可能通过正规渠道获取到员工的犯罪记录信息。同时，公司在招聘和用工过程中应当遵守相关法律法规，确保公平、公正地对待每一位劳动者。对于员工而言，如果公司提出关于犯罪记录的疑问，应坦诚沟通、解释情况，并强调个人改变与成长。如果遇到不合理的差别对待，可以寻求法律援助来维护自己的权益。