若公司卧底行为被发现，首先需明确该行为是否合法合规，再根据不同情况采取应对措施。以下分情况详细说明：

一、若卧底行为本身违法或侵犯他人权益

1. 立即停止违法行为：如果卧底行为涉及非法侵入、窃取商业秘密、侵犯隐私等违法行为，一旦被发现，应第一时间停止相关活动，避免进一步违法和扩大损失。
2. 积极配合调查：面对公司或相关部门的调查，要如实说明情况，不得隐瞒或提供虚假信息。同时，主动交代违法行为的细节和目的，争取从轻处理。
3. 承担法律责任：根据违法行为的性质和情节，可能需要承担民事赔偿责任、行政处罚责任，甚至刑事责任。例如，若窃取商业秘密给公司造成重大损失，可能构成侵犯商业秘密罪，面临刑事处罚。
4. 寻求法律帮助：在应对调查和处理过程中，可以寻求专业律师的帮助，了解自己的权利和义务，制定合理的应对策略，维护自身合法权益。

二、若卧底行为是公司合法授权的调查行为

1. 向公司说明情况：如果卧底行为是公司为了调查内部违规、违法或损害公司利益的行为而授权进行的，一旦被发现，应及时向公司汇报调查进展和结果，说明调查的合法性和必要性。
2. 保护调查资料和证据：在调查过程中收集的资料和证据是证明调查合法性和结果的关键，应妥善保管，避免泄露或丢失。
3. 配合公司内部处理：根据公司的规章制度和调查结果，配合公司对违规、违法或损害公司利益的行为进行处理，维护公司的正常运营和利益。
4. 应对外部质疑：如果调查行为引发了外部质疑或争议，如被调查对象或第三方认为调查行为侵犯了其权益，应与公司共同应对，提供必要的法律支持和解释。

三、若卧底行为处于合法与违法的灰色地带

1. 评估行为风险：对于处于合法与违法灰色地带的卧底行为，应首先评估其行为可能带来的法律风险和后果，包括民事、行政和刑事责任。
2. 咨询专业律师：在评估风险后，可以咨询专业律师的意见，了解行为的合法性和可能面临的法律责任，以及如何采取补救措施降低风险。
3. 采取补救措施：根据律师的建议，采取必要的补救措施，如停止部分可能违法的行为、完善调查手续、加强证据收集等，以降低法律风险。
4. 准备应对方案：同时，应准备应对可能出现的法律纠纷或争议的方案，包括收集证据、准备法律文书、制定应对策略等，以维护自身和公司的合法权益。

无论哪种情况，都应保持冷静和理性，避免采取过激或违法的行为来应对被发现的情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。