抚恤金应按照确认时的标准计算。具体分析如下：

根据《民政部关于国家机关工作人员伤亡抚恤工作有关问题的通知》等相关规定，国家机关工作人员因公牺牲的确认，由其所在单位或地区参照《军人抚恤优待条例》的有关规定办理。而关于国家机关工作人员死亡一次性抚恤金标准、发放办法，则按照民政部、财政部等相关部门发布的一系列通知执行。

这些规定并未明确指出抚恤金是按照牺牲时的标准还是确认时的标准计算。但通常情况下，抚恤金的计算会考虑到确认时的经济情况、生活水平以及相关政策标准。因此，如果十几年前公务员因公殉职，现在才确认，那么抚恤金一般会按照确认时的相关标准来计算和发放。

需要注意的是，具体的计算标准和发放办法可能会因地区、政策等因素而有所不同。因此，建议咨询当地相关部门或机构，以获取最准确的信息和具体的计算方式。