公司扣绩效是否违法，需根据具体情况判断。

首先，我们要明确，公司和员工签订的绩效管理协议，在符合一定条件下是有效的。这些条件包括：协议内容合法、不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗；双方具备完全民事行为能力，意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形。若协议有效，公司便有权依据协议约定对员工的绩效进行考核，并根据考核结果进行相应的奖惩，包括扣减绩效。

然而，在实际操作中，公司扣绩效是否违法，还需考虑以下几个因素：

1. 扣绩效的依据是否合法：公司必须有明确的绩效考核制度和标准，且这些制度和标准应当经过合法程序制定，并向员工公示或告知。如果公司没有合法的绩效考核依据，或者依据不明确、不合理，那么扣绩效的行为就可能构成违法。

2. 扣绩效的程序是否合法：公司在扣减员工绩效时，应当遵循公平、公正、公开的原则，确保考核过程的透明度和公正性。如果公司未按照规定的程序进行考核，或者考核过程中存在欺诈、胁迫等不正当手段，那么扣绩效的行为同样可能构成违法。

3. 扣绩效的数额是否合理：公司扣减员工绩效的数额应当与员工的实际绩效情况相符，不能随意扣减或者过度扣减。如果公司扣减的绩效数额明显不合理，超出了员工应当承担的范畴，那么这种行为也可能构成违法。

综上所述，公司扣绩效是否违法，需要综合考虑协议的有效性、扣绩效的依据、程序和数额等多个因素。如果公司在扣绩效过程中存在违法行为，员工可以向劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。同时，建议员工在签订绩效管理协议时，务必仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。