在农村邻居侵占自家院子的情况下，诉讼案由通常可以确定为物权保护纠纷或排除妨害纠纷。下面我将详细解释这两个案由，并给出相应的法律建议。

1. 物权保护纠纷：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利。当物权受到侵害时，权利人可以请求法律保护，包括请求返还原物、排除妨害、消除危险等。
   • 适用情形：如果邻居侵占了你家的院子，且该院子属于你家的物权范围（如有土地使用权证等证明），那么你可以基于物权保护纠纷提起诉讼，要求邻居停止侵占、返还院子并赔偿损失。

2. 排除妨害纠纷：

   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国民法典》，当物权的行使受到妨害时，权利人可以请求排除妨害。
   • 适用情形：如果邻居的侵占行为已经或可能妨害到你对院子的正常使用（如阻碍通行、影响采光等），你可以基于排除妨害纠纷提起诉讼，要求邻居停止妨害行为并赔偿因此造成的损失。

法律建议：

• 收集证据：在提起诉讼前，务必收集好相关证据，如土地使用权证、现场照片、视频记录、证人证言等，以证明邻居的侵占行为和你的物权受损情况。
• 协商先行：在诉讼之前，可以尝试与邻居进行协商，看是否能通过和解的方式解决纠纷，这有助于节约诉讼成本和时间。
• 咨询专业律师：如果你对法律程序或诉讼策略有疑问，建议咨询专业律师（比如我），以获得更具体的法律指导和帮助。

综上所述，针对农村邻居侵占自家院子的情况，你可以根据具体情况选择物权保护纠纷或排除妨害纠纷作为诉讼案由，并采取相应的法律行动来维护自己的合法权益。