核心结论：签发400工资的协议后，如果认为协议内容存在违法或不公的情况，依然有权起诉。
详细分析：
首先，我们要明确一点，签署任何协议并不意味着放弃了后续的法律权利。协议本身应当是基于双方平等、自愿且内容合法的基础上签订的。如果公司在让你签发400工资的协议时存在欺诈、胁迫等违法手段，或者协议内容本身违反了法律法规（比如低于最低工资标准等），那么这份协议是可以被质疑的。
协议合法性检查：
- 检查协议内容是否违反国家法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等关于工资、工作时间、休息休假等规定。
- 确认签订协议时是否存在欺诈、胁迫等导致协议无效的情形。
权利保留：
- 即使签署了协议，如果后续发现协议内容存在问题，依然可以向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
- 起诉是公民的一项基本权利，不因签署某份协议而被剥夺。如果认为自己的权益受到了侵害，完全有权向法院提起诉讼。
法律建议：
- 在签署任何协议之前，务必仔细阅读协议内容，确保自己充分理解并同意其中的条款。
- 如果对协议内容有疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师，以确保自己的权益得到妥善保护。
- 如果已经签署了协议，但后续发现存在问题，应及时收集证据，并考虑通过法律途径维护自己的权益。
综上所述，签发400工资的协议后，你依然有权起诉，但前提是协议内容存在问题或签订过程中存在违法行为。因此，在签署协议前务必谨慎，并在发现问题时及时采取行动。