关于“企业自有员工施工，农民工工资由谁支付”的问题，结论是由用人单位支付。下面我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者提供劳动后，用人单位有义务按照约定支付劳动报酬。农民工作为劳动者的一部分，其工资支付同样受劳动法保护。
   • 《保障农民工工资支付条例》也明确规定，用人单位应当按时足额支付农民工工资，不得拖欠或者少发。

2. 支付责任：

   • 在企业自有员工施工的情况下，农民工直接与企业建立劳动关系，因此企业作为用人单位，承担支付农民工工资的直接责任。
   • 如果企业存在拖欠或克扣农民工工资的行为，农民工可以依法向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 特殊情况处理：

   • 如果农民工是通过劳务派遣公司派遣到企业施工的，那么农民工的工资应由劳务派遣公司支付，而不是由用工企业直接支付。但这种情况下，用工企业仍需对劳务派遣公司的工资支付情况进行监督，并确保农民工能够按时足额收到工资。
   • 如果农民工是包工头手下的工人，且包工头与企业之间存在承包关系，那么农民工的工资支付责任可能涉及包工头和企业之间的约定。但无论如何，企业都应确保农民工的工资得到妥善支付，避免出现拖欠或克扣的情况。

综上所述，企业自有员工施工时，农民工的工资应由用人单位（即企业）支付。这是法律赋予农民工的合法权益，也是企业应尽的法律义务。如果农民工在工资支付方面遇到问题，可以依法向相关部门投诉或寻求法律帮助。