当然可以申请劳动仲裁。公司每天将资金转给总公司这一行为，并不直接影响员工申请劳动仲裁的权利。下面我详细解释一下：

首先，明确劳动仲裁的适用范围： 劳动仲裁主要解决的是用人单位与劳动者之间因劳动关系发生的争议，包括但不限于劳动报酬、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护等方面。只要你的争议属于这些范畴，就可以申请劳动仲裁。

其次，分析公司转账行为的影响： 公司每天将资金转给总公司，这一行为可能是公司内部的财务管理方式，与你和公司之间的劳动关系并不直接相关。除非这种转账行为直接导致了你的劳动权益受到侵害（比如未按时支付工资、未缴纳社会保险等），否则它本身并不构成申请劳动仲裁的障碍。

最后，给出建议：

1. 确认争议性质：先确定你与公司之间的争议是否属于劳动仲裁的适用范围。
2. 收集证据：如果决定申请劳动仲裁，务必收集好相关证据，如劳动合同、工资单、工作记录等，以证明你的主张。
3. 提交申请：向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照要求填写申请书和提供相关证据材料。

总之，公司每天将资金转给总公司并不影响你申请劳动仲裁的权利。如果你与公司之间存在劳动关系方面的争议，且符合劳动仲裁的适用范围，那么你可以依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。