《女职工劳动保护特别规定》同样适用于民办非企业单位。以下是具体的分析：

一. 适用范围明确

1. 规定内容：根据《女职工劳动保护特别规定》第二条，该规定适用于中华人民共和国境内的国家机关、企业、事业单位、社会团体、个体经济组织以及其他社会组织等用人单位及其女职工。
2. 民办非企业单位性质：民办非企业单位通常属于社会组织的一种，因此也包含在《女职工劳动保护特别规定》的适用范围内。

二. 实际应用

• 实例说明：假设某民办非企业单位雇佣了女职工，那么该单位就必须遵守《女职工劳动保护特别规定》，为女职工提供必要的劳动保护措施，如孕期、产期、哺乳期的特殊保护等。

综上所述，《女职工劳动保护特别规定》确实适用于民办非企业单位。如有进一步需要，您可以继续咨询我。