您好，关于“劳动合同期间资格证书是否可以扣押”的问题，我为您整理了以下详细解答：
一、明确答案
单位在劳动合同期间扣押劳动者的资格证书是不合法的。
二、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位在招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。这里的“其他证件”明确包含了劳动者的各类资格证书。资格证书是劳动者个人能力和资质的证明，劳动者对其依法享有所有权和使用权，单位无权扣押。
三、特殊情况说明
虽然一般情况下单位扣押资格证书不合法，但也存在特殊情形。如果劳动者与单位签订了合法有效的协议，并明确约定在特定项目或服务期限内，劳动者同意将资格证书交由单位统一管理使用，且协议中详细规定了使用范围、归还条件等，这种基于双方平等自愿、协商一致且不违反法律法规强制性规定的“保管”行为，可能具有一定合法性。但这种情况较为罕见，且必须严格遵守法律规定。
四、劳动者应对措施
如果单位非法扣押了劳动者的资格证书，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：
与单位协商：首先尝试与单位进行沟通，了解扣押原因，争取通过友好协商解决问题。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察大队投诉，详细说明被扣押的证书名称、对个人生活或就业的影响等具体情况。劳动监察部门将依法进行调查，并责令单位限期退还扣押的资格证书。
提起法律诉讼：如果单位拒不退还扣押的资格证书，劳动者可以委托专业律师提起民事诉讼，要求单位返还证书并赔偿因此造成的损失。在诉讼过程中，劳动者需要提供充分的证据来证明单位扣押了资格证书以及该行为给自己造成的损失。
五、实际案例
以您提供的江西安久工程项目管理有限公司扣押个人证书的案例为例，该单位在签订劳动合同后未履行缴纳社保和发放工资的义务，且无故扣押劳动者的注册证书。在这种情况下，劳动者可以向单位所属主管部门或证书注册平台反映问题，同时向属地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁或向当地人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
六、注意事项
在维权过程中，劳动者应注意保存相关证据，如劳动合同、证书被扣留的相关证明（如聊天记录、邮件通知等）、因证书被扣押导致的损失证明等。这些证据将在协商、投诉或诉讼过程中发挥重要作用。
综上所述，单位在劳动合同期间扣押劳动者的资格证书是不合法的行为。劳动者在遇到此类情况时，应依法采取相应措施来维护自己的合法权益。