职工已调离但工会组织关系两年后才转过来的情况，应根据具体事实，与工会和用人单位协商，妥善处理职工在调离期间的工会会籍、福利及可能存在的会费缴纳等问题。以下是对此问题的详细分析：

一. 工会会籍的处理

1. 会籍保留与转移：根据《中国工会章程》的相关规定，职工调离原单位后，其工会会籍应根据实际情况进行保留或转移。若职工在调离期间未加入新单位的工会，其会籍可能仍保留在原单位。两年后工会组织关系转过来时，应确认职工的会籍状态，并办理相应的会籍转移手续。
2. 会籍中断与恢复：若因某种原因导致职工在调离期间的工会会籍中断，应根据具体情况考虑是否恢复其会籍。若职工在调离期间未参与工会活动且未缴纳会费，但之后主动申请恢复会籍并补缴会费，工会可考虑恢复其会籍。

二. 工会福利的处理

1. 福利享受条件：工会福利的享受通常与职工的工会会籍和会费缴纳情况相关联。若职工在调离期间未参与工会活动且未缴纳会费，可能无法享受该期间的工会福利。
2. 福利补发与调整：若工会组织关系转过来后，确认职工应享受某段期间的工会福利但因故未享受，工会可根据实际情况考虑补发或调整福利。

三. 会费缴纳的处理

1. 会费缴纳责任：根据《中国工会章程》的规定，职工加入工会后应按时缴纳会费。若职工在调离期间未缴纳会费，转过来后应根据实际情况补缴会费。
2. 会费补缴方式：会费的补缴方式可能因工会而异，通常包括一次性补缴或分期补缴等方式。职工应与工会协商确定具体的补缴方式和金额。

综上所述，处理职工已调离但工会组织关系两年后才转过来的情况，应综合考虑职工的会籍状态、福利享受条件及会费缴纳责任等因素。我建议职工与工会和用人单位积极沟通，协商处理方案，以确保职工的合法权益得到妥善保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。