小作坊未建立消毒台账和垃圾处理台账，应由食品药品监督管理部门责令限期改正，给予警告；逾期不改正的，将处以罚款，情节严重的还可能被责令停产停业或者吊销食品小作坊登记证。具体分析如下：

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国食品安全法》(2018年修订本) 第一百二十七条：对食品生产加工小作坊、食品摊贩等的违法行为的处罚，依照省、自治区、直辖市制定的具体管理办法执行。这表明，对于小作坊的具体处罚措施，需要参照当地的具体管理办法。

2. 地方性法规的相关规定：虽然您提供的案例中具体提及的是《内蒙古自治区食品生产加工小作坊和食品摊贩管理条例》，但其中关于建立台账的要求和处罚措施，可以类比推断出，在其他地区，类似的行为（如未建立消毒台账和垃圾处理台账）也可能受到相似的处罚。即，由食品药品监督管理部门责令限期改正，逾期不改正的，将处以罚款。

二. 处罚措施

1. 责令限期改正与警告：对于小作坊未建立消毒台账和垃圾处理台账的行为，食品药品监督管理部门首先会责令其限期改正，并给予警告。

2. 罚款：如果小作坊在规定的期限内未进行改正，那么将面临罚款的处罚。具体罚款金额可能会根据地区差异和违法情节的严重程度而有所不同。

3. 责令停产停业或吊销登记证：在情节严重的情况下，小作坊可能会被责令停产停业，甚至吊销其食品小作坊登记证。

三. 实际案例类比

• 以您提供的内蒙古自治区为例，食品小作坊未建立进货记录台账的，由食品药品监督管理部门责令限期改正；逾期不改正的，处2000元以上1万元以下罚款。虽然这是关于进货记录台账的规定，但可以类比推断，对于未建立消毒台账和垃圾处理台账的行为，也可能会有类似的处罚措施。

我建议，如果您是小作坊的经营者，应尽快建立完善的台账管理制度，包括消毒台账和垃圾处理台账，以确保符合法律法规的要求，避免受到不必要的处罚。如有进一步需要，您可以继续咨询我。