公司多扣了社保个人缴纳部分，员工可以申请仲裁。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，因社会保险等发生的争议属于劳动争议，当事人可以依法申请仲裁。因此，如果公司确实多扣了社保个人缴纳部分，员工有权申请仲裁来维护自己的合法权益。

2. 仲裁前的准备：在申请仲裁之前，员工应首先与公司进行沟通，尝试通过协商解决问题。如果协商无果，员工可以收集相关证据，如工资条、社保缴纳记录等，以证明公司多扣了社保个人缴纳部分。

3. 仲裁申请流程：员工需要向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照要求填写申请书，提供相关证据材料。仲裁委员会将依法进行受理、审查，并作出裁决。

4. 仲裁结果：如果仲裁委员会认定公司确实存在多扣社保个人缴纳部分的行为，可能会裁决公司退还多扣的费用，并可能要求公司支付相应的赔偿金或利息。

综上所述，如果公司多扣了社保个人缴纳部分，员工完全有权申请仲裁来维护自己的权益。在申请仲裁前，建议员工先与公司进行沟通协商，并收集好相关证据以备不时之需。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。