针对“工资超过时效法院怎么处理”的问题，以下是详细且深度的解答：

首先，我们需要明确“工资超过时效”通常指的是劳动者在追讨工资时，已经超过了法律规定的申请仲裁或提起诉讼的时效期间。在大多数情况下，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。然而，这一时效并非绝对，存在中断或中止的可能。

一、时效中断或中止的情形

1. 时效中断：如果劳动者在时效期间内通过协商、申请调解、向有关部门投诉、申请仲裁、起诉或申请支付令等方式主张了权利，或者用人单位同意履行义务，那么时效将重新计算。例如，劳动者发送了催讨工资的函件、与用人单位进行了沟通并保留了证据，或者向劳动监察部门投诉并获得了受理凭证，这些都可以视为时效中断。

2. 时效中止：如果因不可抗力或其他正当理由导致劳动者无法在时效期间内申请仲裁，时效将中止。比如，劳动者因重大疾病住院治疗，时效可以在病愈后继续计算。

二、超过时效后的处理方式

1. 与用人单位协商：尽管时效已过，但劳动者仍可以尝试与用人单位进行友好协商，寻求解决方案。在协商过程中，应保留沟通记录，如果协商成功，最好签订书面还款协议，明确还款金额、时间和方式。

2. 寻求第三方调解：劳动者可以向企业劳动争议调解委员会、基层人民调解组织或具有劳动争议调解职能的组织申请调解。这些机构具有中立性和专业性，能够提出合理的解决方案。此外，工会和行业协会也是寻求帮助的有效途径，它们可以代表劳动者与用人单位协商，争取权益。

3. 法律途径追讨：

   • 向法院起诉：如果仲裁机构以超过时效为由不予受理，劳动者可以持不予受理通知书向法院提起诉讼。在诉讼中，如果能够说明时效超过存在合理理由，或者用人单位未以时效进行抗辩，法院可能会支持劳动者的诉求。特别地，如果劳动者持有用人单位的工资欠条，且诉讼请求不涉及劳动关系其他争议，可以直接按普通民事纠纷向法院起诉，不受劳动仲裁时效的限制。
   • 申请支付令：在符合条件下，劳动者可以向人民法院申请支付令。如果用人单位在规定期限内既不提出异议又不履行支付令，劳动者可以申请强制执行。申请支付令也需要注意时效问题及证据的准备。

三、预防措施

为避免未来再次遇到类似问题，劳动者应采取以下预防措施：

• 确保与用人单位签订正规的劳动合同，并明确约定工资支付的方式和时间。
• 保留所有与工作有关的证据和文件，如劳动合同、工资条、工作记录、沟通记录等。
• 及时了解并熟悉相关的法律法规和政策，以便在权益受损时能够迅速采取有效措施维护自身权益。

综上所述，即使工资超过了时效，劳动者仍有多种途径来维护自己的合法权益。关键在于根据具体情况选择合适的处理方式，并积极收集证据以支持自己的主张。同时，加强预防措施也是避免未来权益受损的重要手段。