医生只写了建议休息三天是合法的。在我国现行法律框架内，医生在诊断证明书上未明确病情确诊所需的具体疗养时间，并不构成违法。以下是详细解释：

1. 医生建议的灵活性：

   • 医生给予的确诊建议，包括全休天数，并非必须详细列出的部分。
   • 具体天数需依据患者的视察或手术的实际状况加以决定，同时需遵循患者病情所需的休息时间长度。

2. 病假条的相关规定：

   • 据我国大多数正规医院的规定，门诊严格限制医生开具长达7天的休息建议，而急诊则最多只能开具为期3天的休息建议。
   • 医生在开具病假条时，有着严格的规定，不能随便给出意见，应以病情实况为主要考量因素。

3. 法律保障：

   • 《中华人民共和国执业医师法》规定，医师在注册的执业范围内，有权进行医学诊查、疾病调查、医学处置，并出具相应的医学证明文件。
   • 医师依法履行职责，受法律保护。

4. 病假条的应用与鉴定：

   • 病假条的应用场合繁多，由于需要请假的理由各式各样，因此病假条的需求很大。
   • 假如休假期限过长导致争议，还可考虑进行相关鉴定。鉴定过程中，主要关注当事人的实际伤势，通过精确评估患者伤情的严重程度，从而理性地预计其适合休息的时间段。

综上所述，医生只写了建议休息三天是合法的，这是医生根据患者实际情况和病情需要给出的专业建议。如果患者对建议有疑虑或需要更长时间的休息，可以与医生进一步沟通，并根据实际情况向单位申请相应的病假。