在机动车交通事故纠纷中，次要责任的运营车辆停运损失主要由事故责任方承担，具体责任分配需依据交强险、商业三者险的保险条款以及侵权责任法的相关规定来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、结论前置
保险公司赔偿情形：
- 交强险：在交强险有责任财产损失赔偿限额内（通常为2000元）对合理的停运损失进行赔偿。
- 商业三者险：若保险公司未就免责条款尽到提示和明确说明义务，则需在商业三者险责任限额内赔偿停运损失；否则，一般不赔偿停运损失。
侵权人赔偿情形：
- 当保险公司依据保险合同条款对停运损失免责时，或停运损失超出保险限额时，由侵权人（即事故责任方）对营运车辆的合理停运损失承担赔偿责任。
- 若交通事故双方均有责任，则停运损失应按各自的责任比例分担。
二、详细分析
交强险赔偿：
- 交强险条款虽通常将间接损失列为除外责任，但部分法院在司法实践中认为合理的停运损失属于交强险财产损失赔偿范围。
- 因此，在交强险有责任财产损失赔偿限额内，受害方可获得停运损失的赔偿。
商业三者险赔偿：
- 商业三者险合同条款常明确约定停运损失等间接损失为免赔范围。若保险公司已履行提示和明确说明义务，则不承担停运损失的赔偿责任。
- 若保险公司未能证明其已就免责条款向投保人履行提示和明确说明义务，则该免责条款无效，保险公司需在商业三者险责任限额内赔偿停运损失。
侵权人直接赔偿：
- 在保险公司免责或赔偿限额不足的情况下，侵权人作为直接责任方，应对营运车辆的合理停运损失承担赔偿责任。
- 停运损失的计算通常基于车辆的停运时间、日净收入等因素，具体计算方法可能因地区、行业习惯及司法实践的不同而有所差异。
双方都有责任时的分担：
- 若交通事故双方均有责任，则应根据各自的责任比例来分担停运损失。
三、特殊情形
- 雇员侵权：若侵权人在执行工作任务过程中发生交通事故导致营运车辆受损并产生停运损失，由用人单位承担侵权责任。
- 挂靠经营：以挂靠形式从事道路运输经营的机动车发生交通事故造成损害且属于该机动车一方责任的，挂靠人和被挂靠人应承担连带责任。
四、总结与建议
综上所述，机动车交通事故纠纷中次要责任的运营车辆停运损失主要由事故责任方承担，具体赔偿需依据交强险、商业三者险的保险条款以及侵权责任法的相关规定来确定。在处理此类案件时，建议受害方及时收集相关证据（如维修记录、收入证明等），以便更好地维护自身权益。同时，保险公司也应完善合同条款并加强提示说明义务，以减少因免责条款引发的争议。