在交通事故中，如果肇事车辆承担次要责任，且该车辆为运输车辆，其停运损失对方是否应当承担，这主要取决于事故责任划分以及相关法律法规的规定。一般来说，对方是需要承担一定比例的停运损失的。以下从几个方面进行详细分析：
一、事故责任划分与停运损失承担
次要责任的含义：在交通事故中，如果肇事车辆被认定为承担次要责任，这意味着该车辆对事故的发生负有一定的责任，但不是主要责任。根据责任比例，肇事车辆及其保险公司通常需要承担部分赔偿责任。
停运损失的性质：停运损失是指因交通事故导致运输车辆无法正常运营而产生的经济损失。这种损失属于间接损失，但仍然是因交通事故而直接引发的，因此有权要求赔偿。
二、相关法律法规依据
《中华人民共和国民法典》：该法规定了因侵权行为造成他人损害的，应当承担侵权责任。在交通事故中，如果肇事车辆对事故负有责任，那么其应当赔偿因事故造成的直接和间接损失，包括停运损失。
《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》：该解释明确规定了道路交通事故造成财产损失的赔偿范围，包括依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失。
三、停运损失的计算与赔偿
停运损失的计算：停运损失通常根据车辆的运营成本、运营能力、近期平均利润等指标来综合计算。具体计算方法可能因地区和行业而异，但一般应确保计算结果的合理性和公正性。
赔偿比例的确定：在交通事故中，赔偿比例通常根据事故责任划分来确定。如果肇事车辆承担次要责任，那么其可能需要承担一定比例的停运损失赔偿，具体比例由法院或调解机构根据事故具体情况和双方证据来判定。
四、实际操作建议
收集证据：在主张停运损失赔偿时，应收集相关证据，如车辆运营记录、收入证明、维修记录等，以证明停运损失的存在和金额。
协商与调解：在事故发生后，可以尝试与对方进行协商或调解，以达成赔偿协议。如果协商或调解无果，可以向法院提起诉讼。
寻求专业帮助：在处理交通事故赔偿问题时，如果感到困惑或无法自行解决，可以向我这样的专业律师寻求帮助，以确保自身权益得到充分保障。
总结来说，如果肇事车辆在交通事故中承担次要责任，且该车辆为运输车辆，那么其停运损失对方是需要承担一定比例的赔偿责任的。具体赔偿比例和金额应根据事故责任划分、相关法律法规以及双方证据来综合判定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。