在双方都是营运车辆且存在主次责任的情况下，停运损失费一般由责任方根据责任比例承担赔偿责任。具体分析如下：
一、责任主体与赔偿原则
责任主体：在交通事故中，负全部责任或主要责任的一方为侵权人，应承担相应的赔偿责任。若双方都有责任，则根据各自在事故中的责任比例分担赔偿责任。这基于《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条及第一千一百七十二条的规定，即行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任；二人以上分别实施侵权行为造成同一损害，能够确定责任大小的，各自承担相应的责任。
赔偿原则：营运车辆停运期间的合理损失属于财产损失范畴，根据《中华人民共和国民法典》第一千一百八十四条及《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条的规定，当事人有权请求侵权人赔偿因道路交通事故造成的经营性车辆停运损失。
二、赔偿范围与标准
赔偿范围：通常包括停运期间的预期可得利益损失，如正常营运情况下的营业收入，以及因停运而额外产生的必要费用，如车辆保养费、司机基本工资等。
赔偿标准：停运损失的计算应基于车辆在停运期间实际减少的收入，综合考虑车辆类型、营运性质、日常收入、停运时间等因素。受害人需提供充分证据，如营运收入证明、车辆维修记录、司机工资单等，以证明停运损失的具体数额。
三、保险公司赔付情况
交强险：交强险主要在责任限额范围内对人身伤亡和财产直接损失进行赔偿，通常不包括停运损失等间接损失。但部分法院会依据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》（2020年修正），判决交强险在责任限额范围内对停运损失进行赔偿。
商业三者险：赔偿责任取决于保险合同的具体约定。若合同中明确排除停运损失等间接损失的赔偿，并且保险公司已尽到提示和明确说明义务，则保险公司不承担赔偿责任；反之，若合同无此约定或保险公司未履行相关义务，则保险公司可能需对停运损失进行赔偿。
特定保险：若营运车辆投保了营业性车辆损失保险附加险中的营运车辆停运损失险，则在合同约定的范围内，保险公司应承担赔偿责任。
四、实际操作建议
收集证据：在处理营运车辆停运损失问题时，受害方应首先收集相关证据，如事故责任认定书、营运收入证明、车辆维修记录、司机工资单等，以证明停运损失的具体数额和责任比例。
协商与调解：受害方可首先尝试与责任方协商解决赔偿问题。若协商不成，可向交警部门申请调解或直接向法院提起民事诉讼。
法律途径：在诉讼过程中，受害人需提交相关证据证明其损失，并由法院进行认定和判决。法院将依据法律法规和事实情况，公正地确定赔偿金额和责任比例。
示例说明：假设两辆营运车辆发生交通事故，交警部门认定主责方承担70%的责任，次责方承担30%的责任。若停运损失总额为10万元，则主责方需赔偿7万元，次责方需赔偿3万元。若其中一方或双方投保了相关保险，且保险合同约定保险公司需承担停运损失赔偿责任，则保险公司将在责任限额范围内进行赔付。
综上所述，在双方都是营运车辆且存在主次责任的情况下，停运损失费一般由责任方根据责任比例承担赔偿责任。若您在此方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。