邻居借了你5000元并已经偿还了一部分，接下来你可以按照以下步骤处理：

1. 确认还款金额：

   • 首先，与邻居明确已经偿还的具体金额，确保双方对还款数额没有异议。

2. 更新借款协议：

   • 如果你们之间有书面的借款协议，应在协议上注明已还款的金额和日期，双方签字确认。
   • 如果没有书面协议，建议现在补签一份，明确剩余借款金额、还款期限等关键条款。

3. 协商后续还款计划：

   • 与邻居协商剩余的借款如何偿还，包括还款期限、分期还款方式等。
   • 确保双方对还款计划达成一致，并尽可能将计划书面化，以便后续执行和监督。

4. 保留证据：

   • 无论是借款协议还是还款记录，都应妥善保存，作为日后可能发生的纠纷的证据。

5. 关注法律效力：

   • 确保借款协议和还款计划具有法律效力，避免使用模糊或不合法的表述。
   • 如果对法律效力有疑虑，可以咨询我这样的专业律师进行审查或指导。

6. 处理违约情况：

   • 如果邻居未按照约定的还款计划执行，你可以先尝试通过友好协商的方式解决。
   • 如果协商无果，你可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁。

在处理这类民间借贷纠纷时，保持冷静和理性至关重要。尽量通过协商和沟通来解决问题，同时确保自己的合法权益得到保护。如果有任何法律上的疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。