当员工自动离职时，关于工资的处理方式，主要遵循以下几点原则：

首先，用人单位应按照员工实际工作天数和劳动合同约定的工资标准支付工资。这是因为，根据法律规定，劳动者只要付出了劳动，用人单位就有支付劳动报酬的义务，员工自动离职并不影响其工资的结算。

如果用人单位拒绝支付工资，员工可以先尝试与单位进行协商，要求其支付应得的工资。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位限期支付工资。此外，员工还可以选择向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过仲裁程序来追讨工资。如果对仲裁结果不满意，员工还可以向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

然而，也需要注意，如果员工自动离职给用人单位造成了损失，单位是有权要求员工赔偿的。但需要单位提供充分的证据来证明损失的存在以及损失与员工离职之间的直接关联。在扣除赔偿款项时，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，并且扣除后的剩余工资不得低于当地的月最低工资标准。

总的来说，员工自动离职时，用人单位应依法支付其实际工作期间的工资，而员工也应承担因自动离职可能给单位造成的损失。如果双方就工资支付问题存在争议，应通过合法途径进行解决。