劳动者自动离职时，其工资的计算应遵循按实际出勤天数计算、考虑加班情况、合理处理奖金津贴以及不得随意克扣的原则。

一. 工资计算原则

1. 正常出勤部分的工资：用人单位应根据劳动者实际出勤的天数，按照双方约定的日工资标准来支付。日工资的计算方法一般为月工资收入除以月计薪天数（通常为21.75天）。例如，若月工资为5000元，实际出勤15天，则正常出勤部分的工资为5000÷21.75×15。

2. 加班工资：如果劳动者在自动离职前存在加班情况，用人单位应按照法律规定支付加班工资。这包括平时延长工作时间的加班、休息日安排工作的加班以及法定休假日安排工作的加班，分别按照不低于工资的150%、200%和300%支付。

3. 奖金、津贴等：对于劳动者正常出勤期间应得的奖金、津贴等，只要符合用人单位规定的发放条件，也应一并支付给劳动者。如果奖金有明确的考核周期和条件限制，劳动者自动离职可能会影响其获取。

4. 不得随意克扣：用人单位不能以劳动者自行离职为由随意克扣工资。只要劳动者付出了劳动，就有权获得相应报酬。即使劳动者自动离职，用人单位也应按照上述原则计算并支付工资。

二. 特殊情况处理

如果劳动者自动离职给用人单位造成经济损失，用人单位可以依法要求劳动者赔偿。但损失赔偿应与工资结算分开处理，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

三. 法律依据

• 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应及时足额支付劳动报酬。
• 根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应一次付清劳动者工资。

综上所述，劳动者自动离职时，用人单位应按照实际出勤天数、加班情况及合同约定计算工资，并不得随意克扣。如有进一步需要，您可以继续咨询我。