关于“行政诉讼程序违法认定指引”的问题，以下是我作为胡军律师，结合专业知识和相关法律规定，为您提供的详细解答：
一、核心结论
在行政诉讼中，程序违法的认定是一个关键环节，它直接关系到行政行为的合法性和有效性。一旦行政行为被认定为程序违法，法院将依据相关法律规定作出相应的判决，如撤销、部分撤销、确认违法等。
二、程序违法的认定标准
主体违法：
- 行政主体不具备作出该行政行为的法定职权，或超越法定职权范围作出行政行为。
事实依据违法：
- 行政行为所基于的事实不清、证据不足，无法支持行政决定的合法性。
法律适用违法：
- 行政主体错误地选择了应当适用的法律规范，或违反法律位阶规则。
程序违法：
- 行政行为的作出未按照法律规定的方式进行，如遗漏必经步骤、颠倒步骤顺序、超过法定期限等。
内容违法：
- 行政行为的内容与法律相抵触，或设定的内容在现实中不具有实现的可能性。
滥用职权：
- 行政主体出于个人私利、部门利益或其他不当目的而作出行政行为，或考虑了不相关因素，或忽略了应当考虑的相关因素，或在同等情况下对不同相对人作出明显不同的处理且无法给出合理解释。
三、程序违法后的法律后果
撤销或部分撤销：
- 若行政行为存在违反法定程序的情形，且撤销该行为不会给国家利益或社会公共利益造成重大损害，人民法院可判决撤销或部分撤销该行政行为。
确认违法但保留效力：
- 在某些特殊情况下，如撤销行政行为会给国家利益或社会公共利益造成重大损害，或行政行为程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响，人民法院会判决确认该行政行为违法，但不撤销其法律效力。
履行判决：
- 若被告不履行或拖延履行法定职责，且这种不履行或拖延履行没有正当理由，人民法院可判决被告在一定期限内履行。
赔偿判决：
- 若行政行为程序违法给原告造成了损失，人民法院在判决确认违法或撤销的同时，可判决被告承担赔偿责任。
四、实际案例说明
以某公司因环保不达标被责令停产整顿为例，若行政机关在作出停产整顿决定时未按照法定程序进行听证、告知等，即构成程序违法。公司可依法向人民法院提起行政诉讼，要求撤销该停产整顿决定。法院在审理过程中，若确认行政行为程序违法，将依据上述法律后果作出相应的判决。
五、法律建议
- 加强程序意识：行政机关在作出行政行为时，应严格遵守法定程序，确保行政行为的合法性和有效性。
- 及时咨询律师：行政相对人在面临行政行为时，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及行政行为的合法性和程序性要求。
- 保留证据：行政相对人应妥善保留与行政行为相关的证据材料，以便在必要时向法院提起诉讼。
综上所述，行政诉讼程序违法的认定是一个复杂而严谨的法律过程，需要综合考虑行政行为的合法性、合理性和程序性要求。一旦行政行为被认定为程序违法，将产生相应的法律后果。因此，无论是行政机关还是行政相对人，都应加强程序意识，确保行政行为的合法性和有效性。