分公司员工一般不能由总公司开离职证明。下面我为您详细解释：
离职证明的有效性：
- 离职证明通常需加盖用人单位的公章，并由单位的法定代表人或者负责人签字确认后方可生效。若离职证明仅加盖人力资源部门的印章，则该证明可能被视为无效。
- 用人单位有义务在与员工解除劳动合同时，及时向员工开具离职证明。这是《中华人民共和国劳动合同法》第五十条的明确规定。
分公司与总公司的关系：
- 分公司作为总公司的分支机构，虽然与总公司存在关联，但在法律上，分公司通常被视为独立的用人单位，具有独立的用工权。
- 因此，分公司员工的离职证明应由分公司自身出具，而非由总公司出具。
特殊情况：
- 在某些特殊情况下，如果分公司没有独立的公章或法定代表人，且其人事管理完全由总公司负责，那么可能由总公司代为出具离职证明。但这种情况较为罕见，且需符合相关法律法规和公司章程的规定。
综上所述，分公司员工一般应由分公司自身出具离职证明。如果您在离职过程中遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助和建议。