公司制度过于严格，在某些情况下可能不合法。这主要取决于制度的具体内容、实施方式以及是否违反了相关法律法规。

首先，公司制度必须遵守国家法律法规，不能侵犯员工的合法权益。例如，如果公司制度中规定了过于严苛的工作时间、休息时间或劳动条件，违反了《劳动法》等相关法律，那么这些制度就是不合法的。

其次，公司制度在制定和执行过程中，应当遵循公平、公正、合理的原则。如果制度过于严格，对员工造成了不合理的压力或负担，甚至导致了员工身心健康的问题，那么这些制度也可能被视为不合法或不合理。

以孙某与某物业公司的劳动仲裁案为例，该公司因员工手册中未区分违纪行为的严重性，仅依据累计两次处分为据即可解除与劳动者的劳动合同，被仲裁委认为该规定存在不合理之处，最终判定公司解除劳动合同的行为违法。这个案例说明，公司制度过于严格，如果缺乏合理性和公正性，可能会引发法律纠纷，甚至被判定为违法。

因此，建议公司在制定制度时，应充分考虑员工的权益和感受，确保制度既符合法律法规，又具备合理性和可操作性。同时，员工在面对公司过于严格的制度时，也有权提出异议或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

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