关于“员工不参加会议扣工资”的问题，我们可以从以下几个方面来详细分析：
公司与员工协商一致的情况：
- 如果公司与员工在非工作时间开会的事项上达成了协商，并且员工事先同意了在特定时间参加会议但未能出席，那么公司按照内部规章制度扣除一定工资可能是合法的。但这种情况下，扣款的数额必须合理，不能过高，且应该与未能参加会议所造成的实际损失相符。
公司擅自规定非工作时间开会的情况：
- 如果公司未经与员工协商，擅自规定在非工作时间开会，并因员工未参加而扣工资，这种做法很可能是违法的。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。因此，公司不能单方面决定在非工作时间要求员工参加会议，并以此为由扣工资。
员工权益的保护：
- 员工在面对因不参加会议而被扣工资的情况时，可以首先与公司进行沟通，要求公司给出扣款的合理解释。如果公司无法提供合理解释或者拒绝沟通，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求法律保护。
综上所述，员工不参加会议是否会被扣工资，以及扣款是否合法，主要取决于公司与员工之间是否就此达成了协商，以及扣款的数额是否合理。在任何情况下，公司都应该尊重员工的合法权益，不能擅自决定在非工作时间要求员工参加会议并扣款。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议和帮助。