公司因考核目标未完成而扣减员工绩效是否合法，取决于劳动合同的具体约定及公司内部规章制度的合法性与合理性。以下是对此问题的详细分析：
一. 劳动合同的具体约定
有约定的情况：
- 如果公司在与劳动者签订的劳动合同中，明确约定了具体的绩效工资标准，以及绩效考核不合格时可以扣减绩效工资的相关条款，那么公司在这种情况下扣减绩效工资是合法的。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第五十条和第九十一条。
- 实例：例如，销售岗位约定按业绩获取绩效工资，未达成业绩目标而扣绩效工资就是合理的。
无约定的情况：
- 如果劳动合同中没有关于绩效工资扣减的明确约定，那么公司以绩效考核为由扣减员工的工资是不合法的。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第五十条和第九十一条。
- 实例：如果劳动合同中仅规定了基本工资，而未提及绩效工资的扣减条件，公司则不能随意扣减员工工资。
二. 公司内部规章制度的合法性与合理性
规章制度的合法性：
- 公司制定的绩效考核制度必须具备合法性，即必须经过民主制定程序及公示，并告知员工由员工签字确认。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四条。
- 实例：公司应确保绩效考核制度在制定过程中听取了员工的意见，并在公司内部进行了公示，员工也已签字确认。
规章制度的合理性：
- 绩效考核制度中的考核内容必须合理合法，包括考核条件、考核标准以及对应的绩效工资浮动机制。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规对劳动者权益的保护。
- 实例：公司应确保绩效考核标准明确、客观，且不会给员工造成过大的压力或不合理的要求。
三. 扣减绩效后的工资标准
- 即便劳动合同或公司规章制度中允许扣减绩效工资，扣减后的工资也不得低于当地最低工资标准。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十八条。
- 实例：如果员工的基本工资加上剩余的绩效工资仍低于当地最低工资标准，则公司的扣减行为是违法的。
综上所述，公司因考核目标未完成而扣减员工绩效是否合法，需根据劳动合同的具体约定及公司内部规章制度的合法性与合理性来判断。如果劳动合同中有明确约定，且公司规章制度合法合理，扣减后的工资不低于当地最低工资标准，则公司的扣减行为是合法的。反之，则可能构成违法行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。