针对孕期员工请事假公司不批准而按照旷工处理的问题，这是一个涉及员工权益和企业规章制度之间的平衡问题，需要谨慎且人性化地处理。以下是我为您提供的详细解答：
一、明确法律法规与企业规章制度
法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期享有特殊的劳动保护。
- 用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或解除劳动合同，除非存在严重违反规章制度等法定情形。
企业规章制度：
- 查阅企业的员工手册或相关规章制度，了解旷工的定义、处理流程及可能的后果。
- 确保企业规章制度符合法律法规的要求，且经过民主程序制定并已公示。
二、核实旷工情况
收集证据：
- 通过考勤记录、监控录像、同事证言等方式，核实孕期员工是否确实存在旷工行为。
- 确保收集的证据真实、有效，且能够形成完整的证据链。
与员工沟通：
- 尝试与旷工的孕期员工进行沟通，了解其旷工的具体原因和困难。
- 给予员工表达的机会，并听取其合理解释。
三、分类处理
事出有因的旷工：
- 如果员工因孕期不适、产检或家庭紧急事务等原因请假但未及时办理手续，应视为事假而非旷工。
- 提醒员工完善请假流程，并视情况给予一定的宽限期。
无正当理由的旷工：
对于首次或偶发性的无故旷工，可通过书面警告、扣减绩效奖金等方式进行惩戒。
同时明确告知员工后续旷工将面临的后果，并督促其遵守企业规章制度。
若员工多次无故旷工且累计时长达到企业规定的解雇标准（需符合《劳动合同法》第三十九条关于“严重违反用人单位规章制度”的规定），可依法启动解除劳动关系程序。但需确保旷工证据链完整，且规章制度经过民主程序制定并已公示。
四、人性化关怀与协商
提供灵活工作安排：
- 在合法合规的前提下，考虑调整孕期员工的工作岗位、工作时间或工作地点。
- 以减少通勤压力或适应身体变化，体现企业对员工的关怀。
协商解决方案：
- 与员工共同商讨既能维护企业利益又能保障其权益的方案。
- 例如允许其分阶段补回工时、通过远程办公完成部分工作等。
五、注意事项
避免歧视性处理：
- 严禁以旷工为由直接辞退孕期员工，除非其行为构成严重违纪且符合法定解除条件。
- 确保处理过程中不存在对孕期员工的歧视性行为。
强化流程合规性：
- 所有处理措施均需留存书面记录，包括沟通记录、考勤凭证及制度依据。
- 确保程序合法性，避免引发不必要的法律纠纷。
综上所述，处理孕期员工请事假公司不批准而按照旷工的问题时，应兼顾企业规章制度与法律法规的要求，同时体现人性化关怀。通过核实旷工情况、分类处理、协商解决方案以及注意避免歧视性处理和强化流程合规性等措施，确保处理过程的公正性、合法性和合理性。