违反公平竞争审查制度的行为并不一定违法，但可能面临相应的法律后果。

首先，公平竞争审查制度是为了维护市场公平竞争而设立的一项制度，要求政策制定机关在制定涉及市场主体经济活动的规章、规范性文件和其他政策措施时，应当进行公平竞争审查，评估其对市场竞争的影响。如果政策措施违反了公平竞争审查的标准，如限制市场准入、限制商品要素自由流动、影响生产经营成本或行为等，那么这些政策措施就可能被视为违反了公平竞争审查制度。

然而，违反公平竞争审查制度并不直接等同于违法。这是因为公平竞争审查制度本身是一种行政自我约束的机制，其目的在于预防和纠正政策措施可能产生的排除、限制竞争的效果。如果政策制定机关在制定政策措施时未进行公平竞争审查，或者审查不严格，导致政策措施违反了公平竞争审查的标准，那么这些政策措施可能会被视为存在瑕疵，但并不一定直接构成违法。

不过，尽管违反公平竞争审查制度的行为不一定直接违法，但相关行为主体可能会面临一定的法律后果。例如，市场监督管理部门可以对违反公平竞争审查规定的政策措施进行抽查，并督促起草单位进行整改。如果起草单位未依照规定开展公平竞争审查，或者经督促逾期仍未整改的，可能会面临约谈、处分等法律后果。此外，任何单位和个人都可以向市场监督管理部门举报违反公平竞争审查规定的政策措施，市场监督管理部门应当及时处理或者转送有关部门处理。

综上所述，违反公平竞争审查制度的行为并不一定违法，但可能面临相应的法律后果。因此，政策制定机关在制定政策措施时应当严格遵守公平竞争审查制度，确保政策措施符合公平竞争的标准，维护市场的公平竞争秩序。